# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.20.1-4487-
#   - file written: Tue Aug 13 09:33:37 2024
#
#   Ligand name: 5-oxo-L-proline
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)[C@@H]1CCC(=O)N1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PCA        PCA '5-oxo-L-proline          ' L-peptide 15 9 .
#
data_comp_PCA
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PCA         N      N   NH1    0    .      -1.1238    0.4259   -0.7421
PCA         CA     C   CH1    0    .       0.4460    0.4389   -0.7347
PCA         CB     C   CH2    0    .       0.8083    0.5481    0.6254
PCA         CG     C   CH2    0    .      -0.3914   -0.0584    1.4115
PCA         CD     C   C      0    .      -1.5166   -0.2323    0.3572
PCA         OE     O   O      0    .      -2.5295   -0.8301    0.4979
PCA         C      C   C      0    .       0.9784   -0.8387   -1.3127
PCA         O      O   O      0    .       2.2210   -1.0152   -1.4116
PCA         OXT    O   OC    -1    .       0.1825   -1.7330   -1.7024
PCA         H      H   HNH1   0    .      -1.7188    0.8314   -1.4371
PCA         HA     H   HCH1   0    .       0.8156    1.2924   -1.2900
PCA         HB2    H   HCH2   0    .       1.7111   -0.0209    0.8204
PCA         HB3    H   HCH2   0    .       0.9458    1.5898    0.8949
PCA         HG2    H   HCH2   0    .      -0.7111    0.6229    2.1928
PCA         HG3    H   HCH2   0    .      -0.1176   -1.0208    1.8305
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
PCA   N       CA    single        1.570 0.020     1.570
PCA   N       CD    single        1.340 0.020     1.340
PCA   N       H     single        0.860 0.020     1.020
PCA   CA      CB    single        1.412 0.020     1.412
PCA   CA      C     single        1.500 0.020     1.500
PCA   CA      HA    single        0.970 0.020     1.090
PCA   CB      CG    single        1.557 0.020     1.557
PCA   CB      HB2   single        0.970 0.020     1.090
PCA   CB      HB3   single        0.970 0.020     1.090
PCA   CG      CD    single        1.552 0.020     1.552
PCA   CG      HG2   single        0.970 0.020     1.090
PCA   CG      HG3   single        0.970 0.020     1.090
PCA   CD      OE    double        1.185 0.020     1.185
PCA   C       O     deloc         1.259 0.020     1.259
PCA   C       OXT   deloc         1.259 0.020     1.259
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PCA   H       N       CD          126.47 3.000
PCA   H       N       CA          126.47 3.000
PCA   CD      N       CA          107.06 3.000
PCA   HA      CA      C           110.64 3.000
PCA   HA      CA      CB          110.20 3.000
PCA   C       CA      CB          110.25 3.000
PCA   HA      CA      N           110.20 3.000
PCA   C       CA      N           110.25 3.000
PCA   CB      CA      N           105.18 3.000
PCA   HB3     CB      HB2         110.71 3.000
PCA   HB3     CB      CG          110.25 3.000
PCA   HB2     CB      CG          110.25 3.000
PCA   HB3     CB      CA          110.25 3.000
PCA   HB2     CB      CA          110.25 3.000
PCA   CG      CB      CA          104.98 3.000
PCA   HG3     CG      HG2         110.69 3.000
PCA   HG3     CG      CD          110.24 3.000
PCA   HG2     CG      CD          110.24 3.000
PCA   HG3     CG      CB          110.24 3.000
PCA   HG2     CG      CB          110.24 3.000
PCA   CD      CG      CB          105.03 3.000
PCA   OE      CD      CG          126.58 3.000
PCA   OE      CD      N           126.58 3.000
PCA   CG      CD      N           106.84 3.000
PCA   OXT     C       O           120.00 3.000
PCA   OXT     C       CA          120.00 3.000
PCA   O       C       CA          120.00 3.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PCA CONST_01       CG      CD      N       CA           27.15   0.0 0
PCA CONST_02       OE      CD      N       CA         -152.97   0.0 0
PCA CONST_03       H       N       CD      CG         -152.93   0.0 0
PCA Var_01         CB      CG      CD      N           -11.35  30.0 1
PCA Var_02         CD      CG      CB      CA          -10.83  30.0 1
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PCA chir_01   CA      N       CB      C     negativ
#
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PCA plan-1      N 0.020
PCA plan-1     CA 0.020
PCA plan-1     CG 0.020
PCA plan-1     CD 0.020
PCA plan-1     OE 0.020
PCA plan-1      H 0.020
PCA plan-2     CA 0.020
PCA plan-2      C 0.020
PCA plan-2      O 0.020
PCA plan-2    OXT 0.020
