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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear experts,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I�m trying to refine a crystal structure of a peptide that contains some beta-amino acids. I have tried generating restraints with elbow from a sdf file. I changed the naming of the atoms to conform with the protein naming and added the
L-peptide linking tag. This seems to work for refining and also local refine in coot works.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">However, the peptide bond is not kept planar. Does anyone have an idea how to make sure the amide bond is correctly constrained?
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have included the restrained file I made for L-beta-Leucine below for reference.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best wishes,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-ligatures:none;mso-fareast-language:EN-GB">----------<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-ligatures:none;mso-fareast-language:EN-GB">Dr. Bram Mylemans<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-ligatures:none;mso-fareast-language:EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-ligatures:none;mso-fareast-language:EN-GB">Post-doctoral Research Associate
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-ligatures:none;mso-fareast-language:EN-GB">Woolfson group<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-ligatures:none;mso-fareast-language:EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-ligatures:none;mso-fareast-language:EN-GB">School of Chemistry
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-ligatures:none;mso-fareast-language:EN-GB">University of Bristol <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"># electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># - a module of PHENIX version 1.20.1-4487-<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># - file written: Sun May 14 14:31:25 2023<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># Inital geometry file: a 60 line input string<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># Ligand name: (3S)-3-amino-5-methylhexanoic acid<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># Quantum optimisation: True<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># Method: uhf<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># Random seed: 3628800<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># SMILES string: CC(C)C[C@H](N)CC(O)=O<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">data_comp_list<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">loop_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.three_letter_code<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.name<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.group<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.number_atoms_all<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.number_atoms_nh<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp.desc_level<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L B3L '(3S)-3-amino-5-methylhexanoic acid' L-peptide 24 10 .<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">data_comp_B3L<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">loop_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.comp_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.atom_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.type_symbol<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.type_energy<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.charge<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.partial_charge<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.x<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.y<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_atom.z<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L O O O 0 -0.621 -0.0468 -0.0672 0.0379<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L C C C 0 0.403 1.2030 -0.0409 -0.0524<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CA C CH2 0 -0.215 2.0004 0.0099 1.2717<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CB C CH1 0 0.109 1.5936 -1.1463 2.1941<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L N N NH2 0 -0.452 2.4198 -2.3233 1.9111<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG C CH2 0 -0.173 1.7636 -0.6462 3.6485<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CD C CH1 0 -0.040 1.5804 -1.7407 4.6994<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE2 C CH3 0 -0.160 1.9937 -1.1916 6.0651<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 C CH3 0 -0.159 0.1402 -2.2497 4.7124<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HA H HCH2 0 0.055 3.0941 0.0115 1.0876<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA H HCH2 0 0.036 1.7870 0.9871 1.7352<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HB H HCH1 0 0.088 0.5145 -1.4120 2.0199<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HN H HNH2 0 0.153 1.9179 -3.1939 1.9355<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HG H HCH2 0 0.049 2.7650 -0.1815 3.7540<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA H HCH2 0 0.063 1.0542 0.1844 3.8432<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD H HCH1 0 0.048 2.2575 -2.6020 4.4708<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E2 H HCH3 0 0.033 2.4606 -1.9617 6.6915<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E2 H HCH3 0 0.049 2.7302 -0.3796 5.9910<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E2 H HCH3 0 0.045 1.1543 -0.7788 6.6358<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E1 H HCH3 0 0.045 0.0304 -3.1957 4.1675<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E1 H HCH3 0 0.034 -0.2410 -2.4354 5.7240<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E1 H HCH3 0 0.068 -0.5687 -1.5528 4.2450<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L OXT O OC -1 -0.606 1.8564 -0.0003 -1.1279<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HNA H HNH2 0 0.147 3.2587 -2.3840 2.4671<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">loop_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.comp_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.atom_id_1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.atom_id_2<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.type<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.value_dist<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_bond.value_dist_esd<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L C O single 1.253 0.015<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L C OXT single 1.259 0.016<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CA C single 1.546 0.037<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CB CA single 1.534 0.036<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CB HB single 1.125 0.040<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L N CB single 1.466 0.036<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L N HNA single 1.008 0.037<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG CB single 1.547 0.037<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG HG single 1.109 0.039<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CD CG single 1.528 0.035<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CD CE1 single 1.528 0.035<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE2 CD single 1.529 0.035<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE2 H1E2 single 1.096 0.038<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 H1E1 single 1.098 0.038<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 H3E1 single 1.097 0.038<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HA CA single 1.109 0.037<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA CA single 1.102 0.040<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HN N single 1.005 0.037<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA CG single 1.110 0.039<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD CD single 1.119 0.040<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E2 CE2 single 1.097 0.038<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E2 CE2 single 1.099 0.038<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E1 CE1 single 1.097 0.038<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">loop_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.comp_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.atom_id_1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.atom_id_2<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.atom_id_3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.value_angle<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_angle.value_angle_esd<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L OXT C CA 117.56 2.401<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CA C O 116.95 2.270<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L OXT C O 125.42 1.837<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA CA HA 105.03 2.935<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA CA CB 111.34 2.722<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HA CA CB 111.25 2.583<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HAA CA C 106.82 2.670<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HA CA C 111.50 2.415<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CB CA C 110.69 2.417<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HB CB CG 109.11 2.657<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG CB N 112.27 2.657<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HB CB N 108.74 2.657<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CG CB CA 107.01 2.247<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L N CB CA 109.86 2.386<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HB CB CA 109.83 2.388<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HNA N HN 110.49 3.000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HN N CB 114.17 2.677<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HNA N CB 114.27 2.682<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA CG HG 104.29 2.953<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA CG CD 109.80 2.649<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HG CG CD 110.06 1.813<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HGA CG CB 109.67 2.659<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CD CG CB 113.69 2.657<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HG CG CB 108.91 2.671<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD CD CE1 108.40 2.672<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD CD CE2 107.17 2.674<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 CD CE2 111.53 2.389<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L HD CD CG 109.76 2.723<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE2 CD CG 108.95 2.259<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L CE1 CD CG 110.95 2.656<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E2 CE2 H2E2 105.67 2.934<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E2 CE2 H3E2 105.78 2.934<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E2 CE2 H3E2 107.05 2.933<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E2 CE2 CD 112.73 2.662<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E2 CE2 CD 111.91 2.665<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E2 CE2 CD 113.17 2.686<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E1 CE1 H2E1 106.00 2.935<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E1 CE1 H3E1 106.10 2.936<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E1 CE1 H3E1 105.73 2.935<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H2E1 CE1 CD 113.07 2.437<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H3E1 CE1 CD 112.17 2.708<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L H1E1 CE1 CD 113.17 2.649<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">loop_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.comp_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.atom_id_1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.atom_id_2<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.atom_id_3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.atom_id_4<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.value_angle<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.value_angle_esd<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_tor.period<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L Var_01 CB CA C O 54.55 30.0 2<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L Var_02 CE1 CD CG CB -66.07 30.0 1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L Var_03 H1E1 CE1 CD CG -19.34 30.0 3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L Var_04 H1E2 CE2 CD CG 93.46 30.0 3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">loop_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.comp_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.atom_id_centre<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.atom_id_1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.atom_id_2<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.atom_id_3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_chir.volume_sign<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L chir_01 CB CA N CG negativ<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">loop_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_plane_atom.comp_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_plane_atom.plane_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_plane_atom.atom_id<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_chem_comp_plane_atom.dist_esd<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L plan-1 O 0.020<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L plan-1 C 0.020<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L plan-1 CA 0.020<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">B3L plan-1 OXT 0.020<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>