<div dir="ltr"><div>Hi ,</div><div>I am trying the following command using PHENIX VERSION:  1.20.1-4487.</div><div>to generate a composite map from locally refined maps (cryo-EM) of my complex. I have <br></div><div>selected multiple regions each one correspond to one of the six locally refined maps that I wish to combine using this command. I would be grateful if you can suggest if this is the correct way to do it. In this test1.pdb contains the complete model. <br></div><div>One of my doubts is that if  instead of selection, I supply individual model files for each map region</div><div>can they have multiple chain Ids. Asking because I was told that I would need to combine all chains and rename them as one chain (per map region) to have the correct weighted map.</div><div><br></div><div>Many thanks</div><div>Manoj<br></div><div><br></div><div><br></div><div>phenix.combine_focused_maps map_file=Relion_deepEmhancer_reference_.mrc map_file=Base_map4.mrc map_file=Base_map1.mrc map_file=Base_map2.mrc map_file=Base_map3.mrc map_file=Base_map5.mrc map_file=Base_map6.mrc model_file=test1.pdb region_selection=&quot;(chain P and resid 366-401) or (chain P and resid 179-297) or \<br>    (chain O and resid 401-555) or (chain N and resid 458-530) or (chain N and resid 311-457) or (chain R and resid 13-79) or \<br>    (chain N and resid 726-577) or (chain N and resid 823-880) or (chain I and resid 350-409) or (chain N and resid 577-726) or (chain O and resid 667-722) or \<br>    (chain Q and resid 264-276) or (chain N and resid 928-981) or (chain O and resid 926-971) or \<br>    (chain O and resid 875-899) or (chain Q and resid 208-244) or (chain O and resid 717-739) or (chain N and resid 877-898) or \<br>    (chain M and resid 7-101) or (chain L and resid 2047-2141) or (chain L and resid 1718-1746) or (chain L and resid 2001-2025) or (chain N and resid 880-900) or (chain P and resid 430-440) or (chain L and resid 1954-1965) or (chain P and resid 131-154)&quot; composite_map_file=composite_map.mrc composite_half_map_1_file=composite_half_A_map.mrc composite_half_map_2_file=composite_half_B_map.mrc local_weighting=True rigid_body_refinement_single_unit=False nproc=8 resolution=4.0</div></div>