<html>

  <head>

    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">

  </head>

  <body>

    <p>Hi Mark,<br>

    </p>

    <blockquote type="cite"

      cite="mid:BB56CA56-0157-48F3-931F-7AFA4C77B6A3@umich.edu">

      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">

      I tried the "Isomorphous difference map” action and specified a

      file for input 1 containing F1+, F1– at one wavelength, and the

      file input 2 containing F2+,F2– at another wavelength. I selected

      the appropriate Labels for the columns containing the anomalous

      data.  I then specified in "Advanced Options” to <b class="">use

        anomalous differences instead of amplitudes</b>.  Will this

      procedure use the following coefficients for the difference

      Fourier?

      <div class=""><br class="">

      </div>

      <div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>( F1(+)

        – F1(–) ) – ( F2(+) – F2(–) ), alpha(calc)</div>

      <div class=""><br class="">

      </div>

      <div class="">Can someone confirm if this is indeed what is

        calculated?</div>

    </blockquote>

    <p>no, not quite.. Given two data sets, Fobs1 and Fobs2, and a phase

      source (eg., atomic model), it computes <br>

    </p>

    <p>(Fobs1-scale*Fobs2, Phase) <br>

    </p>

    <p>Fourier map. Both data sets are assumed to be collected from

      isomorphous crystals (same space groups, unit cells can deviate up

      to a small tolerance).</p>

    <p>Phenix treats Fobs(+) and Fobs(-) as individual data points, so

      in the map above they will participate as, for example<br>

    </p>

    <p>(Fobs1(+)-scale*Fobs2(+), Phase) <br>

    </p>

    <p>(Fobs1(-)-scale*Fobs2(-), Phase) </p>

    <p>Pavel</p>

    <p><br>

    </p>

  </body>

</html>