<div dir="ltr">Joel<div><br></div><div>From your description, you are saying a ligand in your model is causing an error because it&#39;s not finding the restraints in the restraints libraries distributed with Phenix. Note all restraints files are shipped with Phenix. Only the ones that we have checked carefully.</div><div><br></div><div>Can you tell me the ligand code?</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 21, 2017 at 5:47 PM, Joel Tyndall <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:joel.tyndall@otago.ac.nz" target="_blank">joel.tyndall@otago.ac.nz</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-NZ" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="m_3187711763315200921WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi there,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Having a few minor issues with my phenix setup on windows 10. I have the latest stable build Phenix1.11.1-2575.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">When introducing a new ligand that exists in the monomer library, Pheix complains it does not have the geometry restraints (cif file)  - somehow it is not seeing its own library. How can I set up the cif library as default?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Cheers<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Joel<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">Joel Tyndall |</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0">
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555">BSc(Hons) PhD</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif"><br>
<span style="color:#0070c0"><br>
</span><span style="color:#365f91">Associate Professor in Medicinal Chemistry<br>
School of Pharmacy |</span><span style="color:#0070c0"> </span><span style="color:#595959">Te Kura M</span></span><span style="font-size:9.0pt;color:#555555">ā</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#595959">tauraka
 Wai-whakaora</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0"><br>
</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">University of Otago |</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0">
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555">Te Whare W</span><span style="font-size:9.0pt;color:#555555">ā</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555">nanga
 o Ot</span><span style="font-size:9.0pt;color:#555555">ā</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555">go<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">PO Box 56 9054<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">Dunedin |</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0">
</span><span style="font-size:9.0pt;color:#555555">Ō</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555">tepoti</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">New Zealand </span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">|</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555">
 Aotearoa</span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0"> 
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">Ph: 64 3 479 7293<br>
Skype: jtyndall<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">Website
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91">|</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#555555">
<a href="http://pharmacy.otago.ac.nz" target="_blank"><span style="color:#0563c1">pharmacy.otago.ac.nz</span></a></span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0"> </span><span lang="EN-US" style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#365f91"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Gill Sans MT&quot;,sans-serif;color:#0070c0"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/<wbr>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.<wbr>org</a><br></blockquote></div><br></div>