Hi,<br>I am running phenix-dev-978 (fedora core 15 installer) version on a quad core intel chip computer.<br>How can I obtain a table without digging a lot of files?<br clear="all">When I use command line and try to run phenix.table_one I am getting the following AssertionError message: <br>
Is it a mistake in the input files or is it a bug in this version of phenix I am using?<br>Thanks.<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>phenix.table_one f71c_refine_006.pdb outputf71c.mtz<br>
<br>  note: this is somewhat difficult to configure on the command line at<br>        present; you may find it more convenient to use the PHENIX GUI.<br>    <br>Attempting to guess labels for outputf71c.mtz...<br>Attempting to guess R-free label for outputf71c.mtz...<br>
<br>#Final effective parameters:<br>table_one {<br>  structure {<br>    name = None<br>    pdb_file = &quot;f71c_refine_006.pdb&quot;<br>    mtz_file = &quot;outputf71c.mtz&quot;<br>    data_labels = &quot;IMEAN_wt30Sapo,SIGIMEAN_wt30Sapo&quot;<br>
    r_free_flags.label = &quot;FREE&quot;<br>    log_file = None<br>    cif_file = None<br>    cif_directory = None<br>    data_type = *xray neutron<br>  }<br>  processing {<br>    parallel = False<br>    re_compute_r_factors = False<br>
  }<br>  multiprocessing {<br>    enable_multiprocessing = True<br>    method = *mp sge<br>    nproc = 1<br>    tmp_dir = None<br>  }<br>  output {<br>    directory = &quot;/home/Demircha/Desktop/test&quot;<br>    job_title = None<br>
    show_missing_fields = True<br>    format = *txt csv *rtf<br>    base_name = &quot;Table1&quot;<br>    verbose = &quot;True&quot;<br>    text_field_separation = 2<br>  }<br>}<br>#---end<br><br>Running phenix.model_vs_data for all structures. . .<br>
<br>  Multiple segs<br>        &#39;    &#39;      12<br>        &#39;A   &#39;      12<br><br>  Use --do-all to process all residues not in internal library<br>    <br>Traceback (most recent call last):<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/build/intel-linux-2.6-x86_64/../../phenix/phenix/command_line/table_one.py&quot;, line 7, in &lt;module&gt;<br>
    use_current_directory_if_not_specified=True)<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/phenix/phenix/automation/table_one.py&quot;, line 424, in run<br>    out=out).collected_stats<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/phenix/phenix/automation/statistics.py&quot;, line 173, in __init__<br>
    results.append(run_model_vs_data(structure))<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/phenix/phenix/automation/statistics.py&quot;, line 93, in run_model_vs_data<br>    log=null_out())<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/cctbx_project/mmtbx/model_vs_data.py&quot;, line 744, in run<br>
    mmtbx_pdb_file.set_ppf(stop_if_duplicate_labels = False)<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/cctbx_project/mmtbx/utils.py&quot;, line 1819, in set_ppf<br>    silent=True,<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/elbow/elbow/scripts/elbow_on_pdb_file.py&quot;, line 2310, in run<br>
    model_vs_data=model_vs_data,<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/elbow/elbow/scripts/elbow_on_pdb_file.py&quot;, line 732, in elbow_on_pdb_file<br>    molecule = extract_polymer_unit(pdb_inp, molecule, code)<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/elbow/elbow/scripts/elbow_on_pdb_file.py&quot;, line 213, in extract_polymer_unit<br>
    if residue_group.resseq.strip() == molecule.GetSequenceID().strip(): continue<br>  File &quot;/xsoft/phenix-dev-978/elbow/elbow/chemistry/SimpleMoleculeClass.py&quot;, line 1575, in GetSequenceID<br>    assert 0<br>AssertionError<br>
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