<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello all,<div><br></div><div>I usually set up simulated annealing composite omit map calculations via the Phenix GUI and set the number of processors equal to 2 to take advantage of my Mac's dual core processor in order to shorten the calculation time somewhat.</div><div><br></div><div>My department does have a high performance cluster, however, and I would like to start using that multi-node system to shorten the calculation time substantially. &nbsp;The problem for me is that the high performance cluster requires jobs to be submitted and managed via a PBS queue. &nbsp;I know how to specify in the PBS shell script the computing resources I want to use (say, for example, 8 dual core processors for a total of 16 nodes).</div><div><br></div><div>My question is, do I need to specify any additional settings in the actual Phenix command line execution statement? &nbsp;For example, nproc = 16? &nbsp;Anything else?</div><div><br></div><div>The entire shell script containing the PBS setup statements and the actual Phenix execution statements is submitted by the qsub command. &nbsp;In essence, I am wondering how to get Phenix to "play nicely" with the queueing system such that the composite omit calculations will be distributed box by box over the resources I reserve via the PBS statements.</div><div><br></div><div>Thanks in advance for any advice. &nbsp;Also, if anybody has experience running Phenix jobs via a shell script submitted to a batch queueing system, I would very much appreciate the chance to look at the shell script. &nbsp;</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Matthew</div><div><br></div><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div><br></div><div>---</div>Matthew J. Whitley, Ph.D.<br>Postdoctoral Research Fellow<br>Angela Gronenborn Lab<br>Department of Structural Biology<br>University of Pittsburgh School of Medicine<br></span></div></body></html>