[phenixbb] protein atom selection
Tristan Croll
tic20 at cam.ac.uk
Fri Feb 3 12:01:30 PST 2017
I stand (quickly) corrected! SAM is S-adenosyl methionine.
Tristan Croll
Research Fellow
Cambridge Institute for Medical Research
University of Cambridge CB2 0XY
> On 3 Feb 2017, at 19:54, Pavel Afonine <pafonine at lbl.gov> wrote:
>
> Hi Wolfram,
>
>> in my hands and to my surprise, PHENIX atom selections such as "protein" or "peptide" would include a co-factor like SAM. Did others notice that also? Is this behavior what most users would want or even expect?
>
> to identify protein it uses common protein names:
>
> "GLY",
> "ALA",
> "VAL",
> "LEU",
> "ILE",
> "MET",
> "MSE",
> "PRO",
> "PHE",
> "TRP",
> "SER",
> "THR",
> "ASN",
> "GLN",
> "TYR",
> "CYS",
> "LYS",
> "ARG",
> "HIS",
> "ASP",
> "GLU",
>
> and modified protein names:
>
> "02K", // parent is ALA
> "02O",
> "02Y",
> "0CS",
> "0FL",
> "0NC",
> "175",
> "1AC",
> "1L1",
> "1PI",
> "23P",
> "2AG",
> "2RA",
> "33W",
> "3GA",
> "3WS",
> "4U7",
> "4WQ",
> "5AB",
> "5OH",
> "6GL",
> "AA4",
> "ABA",
> "AHO",
> "AHP",
> "AIB",
> "ALC",
> "ALN",
> "ALS",
> "AN8",
> "AYA",
> "AZH",
> "B2A",
> "B3A",
> "BP5",
> "C22",
> "CLV",
> "CRX",
> "CWD",
> "DAB",
> "DBZ",
> "DDZ",
> "DNP",
> "DNW",
> "DPP",
> "FB5",
> "FB6",
> "FLA",
> "HQA",
> "IAM",
> "KNB",
> "LAL",
> "MA",
> "MAA",
> "MDO",
> "NA8",
> "NAL",
> "NCB",
> "NPI",
> "ONH",
> "ORN",
> "PIA",
> "PYA",
> "S2P",
> "SE7",
> "TIH",
> "UM1",
> "UM2",
> "UMA",
> "X9Q",
> "XW1",
> "Z01",
> "ZZJ",
> "0AR", // parent is ARG
> "0X9",
> "2MR",
> "2OR",
> "4AR",
> "9NR",
> "AAR",
> "AGM",
> "AR2",
> "ARM",
> "BOR",
> "CIR",
> "DA2",
> "DIR",
> "FIO",
> "HAR",
> "HMR",
> "HR7",
> "HRG",
> "IAR",
> "IOR",
> "MGG",
> "MMO",
> "MYN",
> "NMM",
> "NNH",
> "ORQ",
> "RGL",
> "THZ",
> "VR0",
> "02L", // parent is ASN
> "823",
> "9DN",
> "A5N",
> "AFA",
> "AHB",
> "AS7",
> "DMH",
> "MEN",
> "NYG",
> "SD4",
> "XSN",
> "0A0", // parent is ASP
> "0AK",
> "0TD",
> "999",
> "AEI",
> "ASA",
> "ASB",
> "ASL",
> "BFD",
> "BH2",
> "BHD",
> "D2T",
> "DMK",
> "DYG",
> "LAA",
> "OHS",
> "OXX",
> "PHD",
> "SIC",
> "SUI",
> "TAV",
> "XYG",
> "03Y", // parent is CYS
> "07O",
> "0A8",
> "0QL",
> "2CO",
> "2XA",
> "30V",
> "31Q",
> "3X9",
> "4GJ",
> "5CS",
> "AGT",
> "BB6",
> "BB7",
> "BB9",
> "BBC",
> "BCS",
> "BCX",
> "BPE",
> "BUC",
> "C1T",
> "C3Y",
> "C4R",
> "C5C",
> "C6C",
> "CAF",
> "CAS",
> "CCS",
> "CCY",
> "CGV",
> "CME",
> "CMH",
> "CML",
> "CMT",
> "CS1",
> "CS3",
> "CS4",
> "CSA",
> "CSB",
> "CSD",
> "CSJ",
> "CSO",
> "CSP",
> "CSR",
> "CSS",
> "CSU",
> "CSX",
> "CSZ",
> "CY0",
> "CY1",
> "CY3",
> "CY4",
> "CYD",
> "CYF",
> "CYG",
> "CYQ",
> "CYR",
> "CYW",
> "CZ2",
> "CZZ",
> "DC2",
> "DYS",
> "ECX",
> "EFC",
> "FFM",
> "FOE",
> "GT9",
> "GYC",
> "HCM",
> "HNC",
> "HTI",
> "ICY",
> "JJJ",
> "JJK",
> "JJL",
> "K1R",
> "M0H",
> "MCS",
> "MD3",
> "MD5",
> "NPH",
> "NYB",
> "NYS",
> "OCS",
> "OCY",
> "P1L",
> "PBB",
> "PEC",
> "PR3",
> "PYX",
> "QCS",
> "QPA",
> "R1A",
> "S2C",
> "SAH",
> "SCH",
> "SCS",
> "SCY",
> "SHC",
> "SIB",
> "SMC",
> "SNC",
> "SOC",
> "SYS",
> "TNB",
> "TQZ",
> "TSY",
> "XCN",
> "YCM",
> "ZZD",
> "08P", // parent is DCY
> "QDS", // parent is DSN
> "UDS",
> "XDT", // parent is DTH
> "CRQ", // parent is GLN
> "ECC",
> "GHG",
> "GNC",
> "LMQ",
> "MEQ",
> "MGN",
> "NLQ",
> "QFG",
> "QLG",
> "QMM",
> "11W", // parent is GLU
> "3GL",
> "3O3",
> "9NE",
> "AR4",
> "CGA",
> "CGU",
> "CRU",
> "EME",
> "G01",
> "G8M",
> "GAU",
> "GHC",
> "GHW",
> "GLJ",
> "GMA",
> "GME",
> "GSU",
> "LME",
> "MEG",
> "PCA",
> "X2W",
> "3XH", // parent is GLY
> "4F3",
> "5PG",
> "9DS",
> "CHP",
> "CJO",
> "CQ2",
> "CR2",
> "CR5",
> "CZO",
> "FGL",
> "GEE",
> "GLZ",
> "GSC",
> "HGY",
> "I4G",
> "IGL",
> "LPG",
> "LVG",
> "M30",
> "MD6",
> "MEU",
> "MFC",
> "MPQ",
> "NLY",
> "NMC",
> "PRV",
> "SAR",
> "SHP",
> "UGY",
> "WCR",
> "2HF", // parent is HIS
> "2SO",
> "3AH",
> "3ZH",
> "B3U",
> "CR8",
> "DDE",
> "HBN",
> "HHI",
> "HIA",
> "HIC",
> "HIP",
> "HIQ",
> "HS8",
> "HS9",
> "HSK",
> "HSO",
> "HSV",
> "IEY",
> "MHS",
> "NEP",
> "NZH",
> "OHI",
> "OLD",
> "OYL",
> "PSH",
> "PVH",
> "RC7",
> "Z70",
> "7JA", // parent is ILE
> "B2I",
> "BIU",
> "I2M",
> "IIL",
> "ILM",
> "ILX",
> "IML",
> "OIM",
> "QIL",
> "TS9",
> "0AG", // parent is LEU
> "2ML",
> "AN6",
> "BL2",
> "BLE",
> "DON",
> "EXY",
> "FLE",
> "HL2",
> "HLU",
> "L3O",
> "LED",
> "LEF",
> "LEH",
> "LEN",
> "LNE",
> "LNM",
> "MHL",
> "MK8",
> "MLE",
> "MLL",
> "MNL",
> "NLB",
> "NLE",
> "NLN",
> "NLO",
> "NLP",
> "NOT",
> "NRP",
> "WLU",
> "2KK", // parent is LYS
> "2KP",
> "3QN",
> "4AK",
> "6CL",
> "6HN",
> "ALY",
> "API",
> "APK",
> "AZK",
> "BLY",
> "BTK",
> "C1X",
> "CLG",
> "CLH",
> "CR7",
> "CYJ",
> "DLS",
> "DM0",
> "DNL",
> "DNS",
> "ELY",
> "FAK",
> "FDL",
> "FH7",
> "FHL",
> "FHO",
> "FZN",
> "GPL",
> "I58",
> "IEL",
> "IT1",
> "KBE",
> "KCR",
> "KCX",
> "KFP",
> "KGC",
> "KPI",
> "KPY",
> "KST",
> "KYQ",
> "L5P",
> "LA2",
> "LBY",
> "LCK",
> "LDH",
> "LET",
> "LGY",
> "LLO",
> "LLP",
> "LLY",
> "LLZ",
> "LMF",
> "LP6",
> "LRK",
> "LSO",
> "LYF",
> "LYN",
> "LYR",
> "LYU",
> "LYX",
> "LYZ",
> "M2L",
> "M3L",
> "M3R",
> "MCL",
> "ML3",
> "MLY",
> "MLZ",
> "MYK",
> "OBS",
> "PE1",
> "PRK",
> "SHR",
> "SLL",
> "SLZ",
> "TLY",
> "VB1",
> "XX1",
> "2FM", // parent is MET
> "4CY",
> "CH6",
> "CRK",
> "CXM",
> "EYG",
> "FME",
> "IZO",
> "KOR",
> "M2S",
> "ME0",
> "MHO",
> "MME",
> "MSE",
> "MSL",
> "MSO",
> "MT2",
> "NRQ",
> "OMT",
> "SME",
> "0A9", // parent is PHE
> "0BN",
> "1PA",
> "200",
> "23F",
> "33S",
> "3CF",
> "4AF",
> "4CF",
> "4OU",
> "4PH",
> "9NF",
> "B2F",
> "BB8",
> "BIF",
> "BNN",
> "CFY",
> "DAH",
> "F2F",
> "FC0",
> "FCL",
> "H14",
> "HOX",
> "HPE",
> "HPQ",
> "MEA",
> "MHU",
> "NFA",
> "OFM",
> "PBF",
> "PCS",
> "PF5",
> "PFF",
> "PHA",
> "PHI",
> "PHL",
> "PM3",
> "PPN",
> "QPH",
> "SMF",
> "T11",
> "TEF",
> "TFQ",
> "U3X",
> "WFP",
> "WPA",
> "ZCL",
> "037", // parent is PRO
> "04U",
> "04V",
> "05N",
> "0LF",
> "0Y8",
> "11Q",
> "12L",
> "12X",
> "12Y",
> "2MT",
> "2P0",
> "3PX",
> "3WX",
> "4FB",
> "4KY",
> "4L0",
> "DPL",
> "FP9",
> "FPK",
> "H5M",
> "HY3",
> "HYP",
> "HZP",
> "LPD",
> "LWY",
> "MP8",
> "N7P",
> "N80",
> "P2Y",
> "PH6",
> "PLJ",
> "POM",
> "PR4",
> "PR7",
> "PR9",
> "PRJ",
> "PRS",
> "PXU",
> "RT0",
> "TPJ",
> "TPK",
> "VH0",
> "XPR",
> "YPR",
> "ZYJ",
> "ZYK",
> "XPL", // parent is PYL
> "30F", // parent is SEC
> "PSW",
> "UOX",
> "0AH", // parent is SER
> "1X6",
> "2JG",
> "2RX",
> "2ZC",
> "4OV",
> "4OZ",
> "8SP",
> "AZS",
> "BG1",
> "BSE",
> "CSH",
> "CWR",
> "DBS",
> "DHA",
> "FGP",
> "GFT",
> "GVL",
> "GYS",
> "HSE",
> "HSL",
> "IIC",
> "LPS",
> "MH6",
> "MIR",
> "MIS",
> "N10",
> "NC1",
> "OAS",
> "OLZ",
> "OMH",
> "OSE",
> "PG1",
> "RVX",
> "RZ4",
> "S12",
> "SAC",
> "SBL",
> "SDB",
> "SDP",
> "SEB",
> "SEE",
> "SEL",
> "SEM",
> "SEN",
> "SEP",
> "SET",
> "SGB",
> "SOY",
> "SRZ",
> "SUN",
> "SVA",
> "SVV",
> "SVW",
> "SVX",
> "SVY",
> "SVZ",
> "SWG",
> "SXE",
> "TIS",
> "TNR",
> "UF0",
> "0E5", // parent is THR
> "26B",
> "28X",
> "2QZ",
> "4NT",
> "4NU",
> "5ZA",
> "ALO",
> "B27",
> "BMT",
> "C12",
> "C99",
> "CQ1",
> "CR0",
> "CRF",
> "CRG",
> "CRO",
> "CTH",
> "DBU",
> "KWS",
> "NZC",
> "OTH",
> "TH5",
> "TH6",
> "THC",
> "TMD",
> "TNY",
> "TPO",
> "XXY",
> "YTH",
> "Z3E",
> "ZU0",
> "0AF", // parent is TRP
> "1TQ",
> "4AW",
> "4DP",
> "4FW",
> "4HT",
> "4IN",
> "5CW",
> "6CW",
> "CTE",
> "FT6",
> "FTR",
> "HRP",
> "HT7",
> "HTR",
> "KYN",
> "PAT",
> "R4K",
> "RE0",
> "RE3",
> "TCR",
> "TOQ",
> "TOX",
> "TPL",
> "TQI",
> "TQQ",
> "TRN",
> "TRO",
> "TRQ",
> "TRW",
> "TRX",
> "TRY",
> "TTQ",
> "WRP",
> "0A1", // parent is TYR
> "0EA",
> "0WZ",
> "0YG",
> "1OP",
> "1TY",
> "2LT",
> "2R3",
> "2TY",
> "3CT",
> "3MY",
> "3NF",
> "3YM",
> "4HL",
> "4LZ",
> "AGQ",
> "AZY",
> "BYR",
> "DBY",
> "DI7",
> "DPQ",
> "ESB",
> "FTY",
> "IYR",
> "MBQ",
> "MDF",
> "NBQ",
> "NIY",
> "NTR",
> "OMX",
> "OMY",
> "P2Q",
> "P3Q",
> "PAQ",
> "PTH",
> "PTM",
> "PTR",
> "T0I",
> "TCQ",
> "TPQ",
> "TTS",
> "TXY",
> "TY1",
> "TY2",
> "TY5",
> "TY8",
> "TY9",
> "TYB",
> "TYI",
> "TYJ",
> "TYN",
> "TYO",
> "TYQ",
> "TYS",
> "TYT",
> "TYY",
> "U2X",
> "YPZ",
> "0AB", // parent is VAL
> "2VA",
> "34E",
> "9NV",
> "A8E",
> "B2V",
> "FVA",
> "HVA",
> "LE1",
> "LVN",
> "MVA",
> "NVA",
> "TBG",
> "VAD",
> "VAH",
> "WVL",
>
> This does not include SAM. What is SAM, after all?
>
> Pavel
>
> _______________________________________________
> phenixbb mailing list
> phenixbb at phenix-online.org
> http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb
> Unsubscribe: phenixbb-leave at phenix-online.org
More information about the phenixbb
mailing list